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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已出现出密切的生物技术活性氧，是指抗癌症和抗病力毒效果。一般而言，三萜是能够甲羟戊酸经由分解的，并从本身观赏植物和真菌孢子中转化成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上收录了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的深入分析文。该深入分析发现了三萜类单质野生灵芝粉酸（GA）是能够液體培养出的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生物工艺应用应用诞生的。借助转录组和淀粉酶质组学工艺应用进两步研究无柄野生虫草菌丝体中DHT诞生二种野生虫草酸（GA）的系统，并依照多个学工艺应用论文检测到的距离化基因遗传和距离化淀粉酶，估测DHT 海洋生物工艺应用镶嵌 GA 的行业。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和用途各类

经由对无柄野生灵芝病菌菌丝体完成转录组测序共有67230个转录本和14295个单dna。在哪些单dna中，498个被认定为区别把你想展示出来dna（DEGs），另外213个把你想展示出来上浮，279个把你想展示出来调整（图1A）。GO含有定量数据分析后，DEGs划分成动物时（BP）、癌肿瘤细胞含量（CC）和原子核功能表（MF）3类。在BP等级分类中，经常出现了前五个子等级分类：消炎药被分解转换成产生时，乙酸盐产生时和甲酸盐产生时;而在CC等级分类中，癌肿瘤细胞外区、突触黏结体、突触形式是前五个亚类。这对于MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性、腐蚀恢复备份酶渗透性和酸氨（或酰胺）对接酶渗透性是前五个亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG通道定量数据分析中，前30条含有度高的通道中含27条是产生，另外甲烷气体产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生电磁波通道为显著含有（图1D）。

图1|转录类物质析和功能键分级

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄虫草细菌菌丝体使用蛋清质含量质组学分折，总计有确保了16,457种文化异同化的肽、2606种蛋清质含量质和2588种降钙素原检测蛋清质含量质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的筛分经济条件下，来到2606种蛋清质含量质中，94种被检验为文化异同表达出爱蛋清质含量（DEPs），另外52种上涨，42种变动（图2A），图2C展现了文化异同表达出爱蛋清质含量的聚类算法分折热图。从GO分折来看看，BP类属展现，绝大基本上数DEPs使用醋酸钠盐拆解具体步骤、四环素拆解拆解具体步骤和药物治疗拆解拆解具体步骤。CC类DEPs在神经元外区、过腐蚀物酶体和微体中覆盖率高，腐蚀替换酶怪物和甲酸脱氢酶（NAD）怪物在MF类中DEPs的百分比高（图2B）。与转录组结论相类似，KEGG4g信号通道分折展现，大部分DEPs在拆解中怪物含有，另外3条最怪物含有的渠道是光合怪物中的碳调整、碳拆解和MAPK4g信号4g信号通道（图2D）。于此，用分折GO数据统计库的CC对DEPs使用亚神经元导航定位分折和引用（图2E），DEPs最主要的地理分布在神经元质（40.66%）、神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），的理论上是GAs怪物人工的最主要的地位。

图2|球蛋白质含量组的按量探讨和用途查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物图片转换和对应组侯选人DEGs和DEPs打造了维恩图，有20个差距理解爱遗传人类dna（图3A）。对转录组和球蛋清组中E组和C组共同拥有的DEGs/DEPs做好聚类数据定量分析法数据定量分析，出现mRNA和球蛋清两者区间内有18个调涨遗传人类dna和8个下降遗传人类dna，DEGs与他泰语翻译的DEPs理解爱技术呈正一些，特征提取Pearson的一些数值数据定量分析，在转录组和球蛋清组两者区间内查测到相对性较高的一些性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测結果展示，E组和C组115个DEGs的表达方法爱技术区别有效，在这其中9个为上涨DEGs，2为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表达方法爱动向与转录混合物析結果相同。

图3|血清质组的按量定量分析和基本功能效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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